Жил-был самурай. По приказу обезглавливал тех, кого сёгун назначал виноватыми. А сёгун страдал психическими расстройствами, и как-то раз тёмной ночью подослал к самураю отряд ниндзя. Ниндзи не нашли самурая, но убили его жену. И самурай принял решение отомстить.

Он шёл по Японии и вёз в коляске своего маленького сына. Где мог, подрабатывал наёмным убийцей. А по следу за ним шли подосланные сёгуном ниндзя.

Фильм не имеет равных по части кровавости и свирепости заруб на мечах. Кроме того, это один из любимых фильмов Квентина Тарантино, именно Убийцу сёгуна требует перед сном дочка Билла и Невесты в последнем блокбастере Убить Билла 2.